README.md
setup.py
Espalier/ARGBuilder.py
Espalier/Dendro2TSConverter.py
Espalier/MAF.py
Espalier/RAxML.py
Espalier/Reconciler.py
Espalier/SCARLikelihood.py
Espalier/TreeOps.py
Espalier/Utils.py
Espalier/Viterbi.py
Espalier/__init__.py
Espalier/espalier.py
Espalier.egg-info/PKG-INFO
Espalier.egg-info/SOURCES.txt
Espalier.egg-info/dependency_links.txt
Espalier.egg-info/entry_points.txt
Espalier.egg-info/requires.txt
Espalier.egg-info/top_level.txt
Espalier/tests/__init__.py
Espalier/tests/profile_MAFs.py
Espalier/tests/test_deep_rooting.py
Espalier/tests/test_dendro2ts_conversion.py
Espalier/tests/test_msprime_sims.py
Espalier/tests/test_recomb_placement.py
Espalier/tests/test_recomb_placement_path.py
Espalier/tests/test_reconciled_linked_heights.py