tx-ref discrepancy test alignments

The intent is to test various possible issues, including variant types
(SNV, MNV, del, ins), +/- strand, and multiple discrepancies in a
single exon.

Alignments are from online splign. headers are accession:segment.  The
subsequent line indicates strand and features being tested.  Reference
(top line) is always transcript. Variants at right are n. and g.. In
cases of shuffling options, they appear in parens. Counter to HGVS
recommendations, g. variants are 5' (left) shuffled only for this test
to facilitate comparison with VCF.


==> NM_000388.3:7.txt <==
+ SNV

        590       600       610       620       630       640       650       660   
          |    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |   
     2590 GTGATCTGGCTCTACACCGCGCCCCCCTCAAGCTACCGCAACCAGGAGCTGGAGGATGAGATCATCTTCA    616C>G
          |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
122003019 GTGATCTGGCTCTACACCGCGCCCCCGTCAAGCTACCGCAACCAGGAGCTGGAGGATGAGATCATCTTCA    045G>C
           |    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |    :       
         020       030       040       050       060       070       080       
										    
										    
        360       370       380       390       400       410       420       430   
          |    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |   
     3360 CTCCCTGGAGGCCCAGAAAAGCAGCGATACGCTGACCCGACACCAGCCATTACTCCCGCTGCAGTGCGGG    403C>G
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
122003789 CTCCCTGGAGGCCCAGAAAAGCAGCGATACGCTGACCCGACACGAGCCATTACTCCCGCTGCAGTGCGGG    832G>C
           |    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |    :       
         790       800       810       820       830       840       850	    
										    
==> NM_000557.4:1.txt <==							    
- SNV										    
										    
       210       220       230       240       250       260       270       280    
         |    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |    
      211 CCTTCGCTGCTGCCGCTGTTCTCTTTGGTGTCATTCAGCGGCTGGCCAGAGGATGAGACTCCCCAAACTC    215C>T
          |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
 34025760 CCTTTGCTGCTGCCGCTGTTCTCTTTGGTGTCATTCAGCGGCTGGCCAGAGGATGAGACTCCCCAAACTC    756A>G
          |    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |   
        760       750       740       730       720       710       700       690   
										    
										    
==> NM_000557.4:2.txt <==							    
- SNV (2)									    
										    
         030       040       050       060       070       080       090	    
           |    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |    :       
     1029 GAGGCGGGCGGGCTGCCCAGCTGAAGCTGTCCAGCTGCCCCAGCGGCCGGCAGCCGGCCGCCTTGCTGGA    088G>T
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
 34022446 GAGGCGGGCGGGCTGCCCAGCTGAAGCTGTCCAGCTGCCCCAGCGGCCGGCAGCCGGCCTCCTTGCTGGA    387A>C
      |    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |	    
    450       440       430       420       410       400       390       380	    
										    
										    
         240       250       260       270       280       290       300	    
           |    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |    :       
     1239 GCCTGGGCTTCGACCGCGCCGCCCGGCAGGTCCACGAGAAAGCCCTGTTCCTGGTGTTTGGCCGCACCAA    279A>G
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
 34022236 GCCTGGGCTTCGACCGCGCCGCCCGGCAGGTCCACGAGAAGGCCCTGTTCCTGGTGTTTGGCCGCACCAA    196C>T
      |    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |	    
    240       230       220       210       200       190       180       170	    
										    
										    
==> NM_003777.3:31.txt <==							    
+ ins, shuffle									    
										    
        440       450       460       470       480       490       500        
          |    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |    :        (505_506insG)
     5440 GATCATGACAATTTGTACCATAGATGTCCATGCCAGAGACGTGGTGGCAAAACTTATTTCTCAGAAG-CA    506_507insG -> 506dupG
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
 21721229 GATCATGACAATTTGTACCATAGATGTCCATGCCAGAGACGTGGTGGCAAAACTTATTTCTCAGAAGGCA    295delG
           |    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |    :       
         230       240       250       260       270       280       290	    
										    
										    
==> NM_004260.3:14.txt <==							    
- ins1, shuffle										    
										    
          310       320       330        340       350       360       370	    
            |    :    |    :    |    :     |    :    |    :    |    :    |    :     (337_338insC)
     2308 GTACAGCGAGCCTTCATGCAGGGCCAGTTGC-GGGTGGTGGTGGCCACGGTGGCCTTTGGGATGGGGCTG    338_339insC -> 338dupC
          ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
145738799 GTACAGCGAGCCTTCATGCAGGGCCAGTTGCCGGGTGGTGGTGGCCACGGTGGCCTTTGGGATGGGGCTG    768delG
         |    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |    (769delG)
       800       790       780       770       760       750       740       730    
										    
==> NM_004260.3:18.txt <==							    
- SNV										    
										    
     160       170       180       190       200       210       220       230	    
       |    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |	    
     3163 GGGGACCTGACCGCTGAGGAGAAGGACCAGATATGTGACTTCCTCTATGGCCGTGTGCAGGCCCGGGAGC    169C>T
          |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
145737642 GGGGACTTGACCGCTGAGGAGAAGGACCAGATATGTGACTTCCTCTATGGCCGTGTGCAGGCCCGGGAGC    636A>G
            |    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |    :      
          640       630       620       610       600       590       580      
										    
										    
==> NM_004260.3:3.txt <==							    
- SNV										    
										    
       250       260       270       280       290       300       310       320    
         |    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |    
      256 .....GCGCCAGAGCCCCGCTGCTGGGGGCCCCATCTGAATCGGGCTGCGACCAAGAGTCCACAGCCTAC    316C>T
               |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
145742579 TGCAGGCGCCAGAGCCCCGCTGCTGGGGGCCCCATCTGAATCGGGCTGCGACCAAGAGTCCACAGTCTAC    514A>G
         |    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |    
       580       570       560       550       540       530       520       510    
										    
										    
==> NM_014467.2:11.txt <==							    
+ SNV										    
										    
     970       980       990       000       010       020       030       040	    
       |    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |	    
     1973 CTAGGGACAGGACTCTGAGGTGGGTGAGTTTGACAAATCCTGCAGTGTTTCCAGGCATCCTTTTAGGACT    016A>G
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
 99926079 CTAGGGACAGGACTCTGAGGTGGGTGAGTTTGACAAATCCTGCGGTGTTTCCAGGCATCCTTTTAGGACT    122G>A
           |    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |	    
         080       090       100       110       120       130       140	    
										    
										    
==> NM_015120.4:1.txt <==							    
+ del3, shuffle										    
										    
       140       150       160       170       180       190       200       210    
         |    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |    (147_149delGGA)
      141 CGAGCTGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAAGAGGAGGAGGCTGCAGCGGCG    186_188delGGA
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||    
 73613026 CGAGCTGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGA---AGAGGAGGAGGCTGCAGCGGCG    031_032insGGA
              |    :    |    :    |    :    |    :    |       :    |    :    |      (070_071insGGA -> 068_070dupGGA)
            030       040       050       060          070       080       090	    
										    
										    
==> NM_015120.4:8.txt <==							    
+ del3, shuffle										    
										    
      680       690       700       710       720       730       740       750	    
        |    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |	    (685_687delCTC)
     1682 GTTCTCCTCTAGAAACTACTACTGGTCAACACACTGATACTCTCAACCAAAAGACATTAGCAGATACTCA    688_690delCTC
          ||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
 73675225 GTTCTC---TAGAAACTACTACTGGTCAACACACTGATACTCTCAACCAAAAGACATTAGCAGATACTCA    227_228insCTC
          :    |       :    |    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |	    (230_231insCTC -> 228_230dupCTC)
             230          240       250       260       270       280       290	    
										    
										    
==> NM_024740.2:1.txt <==							    
- ins1										    
										    
       140       150        160       170       180       190       200       210   
         |    :    |    :     |    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |   
      141 GGCCAGCAGTGGGGATACG-GCCCCGGCTGCGGACAAGCTGCGGGAGCTGCTGGGCAGCCGAGAGGCGGG    159_160insC
          ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
111742165 GGCCAGCAGTGGGGATACGCGCCCCGGCTGCGGACAAGCTGCGGGAGCTGCTGGGCAGCCGAGAGGCGGG    146delG
          :    |    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |	    
             160       150       140       130       120       110       100	    
										    
										    
==> NM_152274.4:1.txt <==							    
- del1 (3), shuffle									    
										    
         0        10        20        30        40        50        60        70    
         |    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |    
        1 GGACGCGGCCGGGTGGGGCGGCAGCGCCCGCCGCGAGCACCTCCAGTTCTGCCGGCTTCTGCGCGCCGGG    24delG
          ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
152864632 GGACGCGGCCGGGTGGGGCGGCA-CGCCCGCCGCGAGCACCTCCAGTTCTGCCGGCTTCTGCGCGCCGGG    609_610insC
            |    :    |    :    |     :    |    :    |    :    |    :    |    :     
          630       620       610        600       590       580       570          
                                                                                    
        70        80        90       100       110       120       130       140    
         |    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |    (119delG)
       71 GCCGCCTCTCCTTCCGCCGGTGCCGCGGCGCCTCATGGAAGCCCCGGAGGGCGGCGGAGGGGGGCCTGCA    121delG
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
152864563 GCCGCCTCTCCTTCCGCCGGTGCCGCGGCGCCTCATGGAAGCCCCGGAGG-CGGCGGAGGGGGGCCTGCA    513_514insC -> 514dupC
             |    :    |    :    |    :    |    :    |    :     |    :    |    :    (515_516insC)
           560       550       540       530       520        510       500         
										    
                                                                                    
       140       150       160       170       180       190       200       210    
         |    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |    :    |    (155delG)
      141 GCGCGGGGCCCGGAGGGGCAGCCGGCGCCCGAAGCCAGGGTGCACTTCCGAGTGGCGAGGTTCATCATGG    158delG
          ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
152864494 GCGCGGGGCCCGGAGGG-CAGCCGGCGCCCGAAGCCAGGGTGCACTTCCGAGTGGCGAGGTTCATCATGG    477_478insC -> 478dupC
              |    :    |     :    |    :    |    :    |    :    |    :    |        (480_481insC)
            490       480        470       460       450       440       430    

